Kluby
AS Monako (1994–1998)
S profesionální kariérou začínal v 17 letech v AS Monaku pod vedením trenéra Arsèna Wengera, kde hrál nejprve na postu záložníka. Premiéru si odbyl 31. srpna 1994 v zápase proti Nice, který skončil porážkou Monaka 0:2.
Juventus Turín (1998–1999)
Po vydařeném Mistrovství světa 1998 opustil Henry Monako a v lednu 1999 přestoupil do italského velkoklubu Juventus Turín za 14 milionů euro. Příliš se zde ovšem neprosadil a vzal tak za vděk nabídku Arsenalu.
Arsenal FC (1999-2007)
V říjnu 1999 následuje přestup do londýnského Arsenalu za 10,5 milionu euro. Henry hraje opět pod vedením svého krajana Arsèna Wengera. Dostává možnost hrát na postu útočníka. V sedmi sezonách, které doposud odehrál za Arsenal je vždy nejlepším střelcem klubu. 18. října 2005 překonal rekord Iana Wrighta a stal se se 185 nastřílenými góly nejlepším útočníkem Arsenalu v celé historii klubu. Jeho kariéra v Arsenalu však pokračovala i po tomto rekordu. Celkově za své působení v tomto londýnském klubu dokázal nastřílet v 364 zápasech 226 branek.
FC Barcelona (2007–)
Na konci sezóny 2006/2007 Henry opouští Arsenal, aby přestoupil do klubu FC Barcelona. Katalánský gigant za něj Arsenalu dal 24 milionů eur a hráč podepsal smlouvu na čtyři roky. 25. června 2007 byl oficiáně představen svým novým fanouškům na slavném stadionu Nou Camp, čímž se definitivně uzavřela jedna dlouhá přestupová sága, jelikož o Henryho měli v Barceloně zájem již od roku 1996. Sám hráč prohlásil, že FC Barcelona je jediný klub, kvůli kterému byl schopen Arsenal opustit, a dodal, že si Barcu vybral pro její fanoušky, stadion, slavnou historii a krásný útočný fotbal.